第1集异常嫌疑人

1990年，Mulder追踪一名女子并结识了独行侠。四人一起从女人的经历中了解到了政府的阴谋。

第2集追求真理（第1部分）Redux

Mulder的自杀只是烟雾。他想利用这个机会渗透到国防部，寻找治疗斯高利癌症的方法。克里奇高一边给他讲课，一边扶他进入五角大楼证据室。他顺着线索找到了一个瓶子，里面装的却是纯净水。Scully同时也在为Mulder分析冰芯样本，发现其中可能还有外星人的滴落。

第3集追求真理（第二部分）ReduxII

Scully生病了。Skinner也站出来帮忙。他们发现瓶子里有一个芯片，只要把它放回Scully的前额和脖子后面，癌症就会被治愈。CSM让Mulder见见他的妹妹。他们还发现，所谓的骗局只是阴谋的冰山一角。阴谋高层进行了一次大清理。

第4集绕道

有人消失在一片未开垦的森林里。据说它是由一种生活在森林中并随环境改变颜色的生物制成的。Mulder和Scully过来帮忙调查。晚上两人被困在树林里，Mulder让Scully唱歌来哄他入睡。

第5集孤独的旅程（第1部分）圣诞颂歌

Scully发现她有一个女儿。

第6集弗兰肯斯坦后现代普罗米修斯

生物科学家尝试创造一个弗兰肯斯坦，但放弃了它。科学家的父亲收留了弗兰肯斯坦，为了不孤单，他偷偷学习了儿子的技术，想要再造一个女性弗兰肯斯坦。科学家杀死了他的父亲，并将责任归咎于怪人。

第7集孤独的旅程（第2部分）艾米丽

Scully想收留她的女儿，但显然有人不同意。最终她还是失去了艾米丽。

第8集猎狐计划狐常

3X17中的Modell逃跑了，Mulder和Scully负责追捕他。Modell还有一个比他更加无情的妹妹，想要为Mulder报仇。

第9集精神分裂

女心理咨询师将身边孩子的所有问题都归咎于父亲的错，因为小时候父亲对她的粗暴对待，而且她还掌控住处附近的土壤和树根！

第10集可怕的娃娃Chinga

抓到龙虾的水手抓到了一个拉娃娃，送给了女儿。没想到这个娃娃被诅咒了，她会按照主人的意愿杀死主人所憎恨的人。斯嘉丽正在度假，当地治安官跟踪帮助破案。Mulder对Scully说：祝我快乐！

第11集魔法大脑杀戮开关

一台从世界各地连接到互联网的计算机工作站制定了一个复杂的计划来杀死制造者，以防止其制造者终止自己。穆德和斯嘉丽经历了一些波折，并在一位女性联合制作人的帮助下摧毁了它。但在它被摧毁之前，女孩追随了她的爱人，并将她的想法上传到了互联网上。

第12集新吸血鬼坏血

Mulder和Scully各自描述了他们去小镇调查吸血鬼的过程，细节却大相径庭。但最终整个城镇都消失了。

第13集X患者（第1部分）X患者

CSM的妻子找到Mulder并告诉他有外星人，而且他们都是好人。Mulder不相信。由于Scully和CSM的妻子都是被劫持者，一天晚上他们受到启发，与其他被劫持者聚集在一座桥上，被外星人的叛军纵火焚烧。

第14集X病人（第二部分）红与黑

Scully很幸运地逃脱了。辛迪加意识到外星叛军的力量已经成熟，并转而反对他们。他们抓获了一名叛军，并将立即将其交给殖民外星人。但WMM认为，这是一个反抗的机会。如果克雷切克从俄罗斯偷来的疫苗能够有效对抗黑油，那么他们就有武器了；最终，疫苗发挥了作用。这位外星叛军俘虏在被赏金杀手带走的途中，在穆德眼皮子底下被同伙救了出来。

第15集旅行者

一位退休侦探向Mulder讲述了他40多年前处理过的一个案件，当时政府开始对人体进行实验。Mulder的父亲在这起案件中发挥了重要作用。

第16集心灵之眼

盲人女孩可以看到她父亲看到的东西。父亲被杀、被抢劫的过程她尽收眼底。出于自责，她每次都第一个赶到现场销毁证据。但他的父亲不知道她是谁，只知道她对他了如指掌。

第17集所有灵魂

《圣经》传说中，一位天使降临人间，与凡间女子结婚，生下四位堕落天使，她们被畸形虐待。六翼天使负责在恶魔将他们据为己有之前将他们召回天堂。这次这个神话被带到了Scully的面前。

第18集非常卧底派恩布拉夫变体

Mulder参加了一次调查恐怖分子使用生物毒素的卧底行动，后来被发现并差点被处决。他后来了解到，从恐怖分子到卧底调查的整个行动可能都是中情局策划的，目的是协助政府测试生物毒素。

第19集双重疯狂FolieADeux

一名公司员工劫持了整个公司，他认为自己的老板是个怪物，正在把公司的人一一变成僵尸。Mulder自愿成为人质，并且也看到了怪物。但没有人相信，并因他反应过度而把他送进了医院。Scully后来看到了，并帮助Mulder逃脱了怪物的攻击。

第20集神童完结

一位国际象棋神童被蓄意暗杀。联邦调查局和穆德的前伴侣兼女友福利都对此案进行了调查。CSM并没有死，而是被辛迪加带回来，帮助夺回这位神童。这个读心的孩子竟然是一个“完整”的人类标本，体内所有未使用的基因开关都被打开。CSM最终成功并烧毁了X档案办公室。