非洲象牙海岸出土了一块写有符号的宇宙飞船碎片，发现碎片的科学家们纷纷被杀害。这些碎片让Mulder听到脑海中无数的声音，感受到痛苦。Scully发现碎片上的符号可能就是人类的基因蓝图。穆德被关进精神病院。Scully来到科特迪瓦，看到飞船半埋在沙子里。

第1集开始

电影FTF中出现的变异外星人从一家基因技术研究公司员工的肚子里逃了出来。Mulder和Scully找到了Gibson，Gibson带着Mulder去找外星人。斯高利证明吉布森可能是外星人（所有人类都可能是）。X档案现在由Spender和福利管理。吉布森终于再次失踪。

第2集开车

一名男子在高速公路上拼命开车，他必须保持高速行驶，以免大脑爆炸。Mulder钻进了他的车。

第3集百慕达的梦想/三角

穆德发现了二战期间在海上神秘失踪的安妮女王游轮。船上的时间仍然是1939年。Scully和LoneGunner也登上了安妮女王号寻找Mulder，但船上的时间是现在。Scully亲吻Skinner，Mulder亲吻Scully，Scully打Mulder，Mulder对Scully说我爱你。

第4集梦境（第1部分）梦境

Mulder和一个来自51区的黑衣人交换了身体，进入了彼此的生活。没有人知道。

第5集梦境（第二部分）梦境II

他们试图将自己的身体变回来，但没有人记得发生了什么。

第6集亲昵的爱意

恶魔变成了普通人，到处结婚，试图拥有正常的后代。他现在的妻子是女妖，她想要生妖后裔。

第7集雨王

小镇的天气预报员一直深爱着一个女人，她的情感经历充满波折。只是他们还不知道，他的情绪会影响当地的天气。

第8集幽灵如何偷走圣诞节

平安夜，Mulder带着Scully参观了鬼屋。屋内，一对几百年前就相濡以沫的恋人彼此的信任受到考验。

第9集心灵杀手提托努斯

一名被从死神的名册上除名的摄影师，通过捕捉他人死亡的瞬间来寻求死神的青睐。最终他如愿以偿，但死亡却背弃了斯卡利。

第10集S.R.819

Skinner的身体被注入了纳米机器人，他的生死掌握在Krycek的手中。

第11集两个父亲

Spender的母亲没有死。她意外地成为第一个成功的人类/外星人混血儿，也就是辛迪加和殖民外星人在殖民后作为奴隶研究的种族。与此同时，反叛外星人的势力暂时占了上风，他们渗透进了辛迪加组织，意图夺走斯彭德的母亲。CSM希望在秘密研发疫苗的同时，继续保护与殖民地方面合作的计划。他对自己的儿子Spender感到失望，向福利寻求帮助。

第12集父与子（第二部分）一个儿子

辛迪加抓获了Spender的母亲和MS。穆德了解到，如果殖民外星人知道杂交研究已经成功，殖民就会开始，而辛迪加故意推迟杂交研究并不断隐瞒真相，以争取时间研制疫苗。意识到叛军的力量势不可挡，CSM和其他集团决定将Spender的母亲交给殖民方，并开始殖民化以自救。但叛军继续前进，最终俘获了Spender的母亲，并烧毁了除CSM之外的所有辛迪加成员。CSM杀死了自己的儿子Spender。

第13集美丽的新社区阿卡迪亚

Mulder和Scully假扮成情侣，来到一个秩序井然、美丽的社区调查居民失踪事件，发现一切都是懂得远东心灵感应的人用泥土创造的幻影所为。

第14集水怪阿瓜马拉

佛罗里达州的一场风暴将深海中的一种生物带入了一个小镇的排水系统。这种只能在盐水中生存的生物可以将人溶解到水中。5X15中的前X档案特工请MS来帮助解决此问题。

第15集星期一

Mulder每天在同一个星期一醒来，在不知不觉中经历着同样的事情。只有一个女人知道，为了逃离这个无尽的地狱，必须纠正一件错误的事情。

第16集变形狗阿尔法

一位教授前往中国寻找失踪的望山狗，获得了变身动物的能力，并开始失去控制杀戮的欲望。

第17集特雷弗

一名囚犯意外获得了在暴风雨中穿越固体物体的能力。他越狱了，想要找回儿子。

第18集爱情故事米拉格罗

暗恋Scully的小说家为了接近Scully，在小说中创造了一场完美的犯罪。小说中的杀手来到现实中执行这些罪行。得知Scully有心之后，小说家不知道如何收场，小说中的杀手告诉他应该杀了Scully。

第19集三人行

自20世纪90年代以来，拜尔斯一直在寻找的女人出现在拉斯维加斯。他们邀请Scully帮助她摆脱阴谋并追捕。

第20集幸福生活不自然♂

《5X15》中的前X档案特工有一个双胞胎兄弟，他向Mulder讲述了一个发生在1947年的故事，关于外星人、赏金杀手、棒球和简单的快乐。

第21集实地考察

一种蘑菇生长在北卡罗来纳州布朗山附近。它释放出的孢子给人一种非常真实的幻觉，但沉睡的人却慢慢的消化成了这些蘑菇的营养。

第22集创世纪生物起源