第1集颠覆地球HERRENVOLK

Smith带着Mulder来到人工种植园培养花粉。Mulder看到了还是个孩子的Samantha。赏金杀手追赶他并带走了史密斯。Scully发现每个人都被编号了他们所接种的天花疫苗。

第2集幽灵照片UNRUHE

一个拥有长焦技能的男人正在残酷地绑架并杀害妇女。他绑架了斯嘉丽。穆德根据照片救了斯嘉丽。

第3集故乡HOME

一个通过乱伦维持纯正血统的家族，为了保护家族不受侵犯，不惜杀人。

第4集非洲邪灵TELIKO

一个失落的非洲部落的成员来到美国，通过吸取其他人的黑色素来保持自己的体色。

第5集我死去的地方

FBI破获了一个邪教组织，Mulder觉得其中一个女人的前世就是他的丈夫。他还去催眠，回忆起前世的几个身份。

第6集整形专家SANGUINARIUM

整形外科医生是一位渴望完美外貌的巫师，通过定期杀死特定生日的患者来进行改变外貌的仪式。

第7集吸烟者的沉思

CSM传奇的成长经历。事实上，他想成为一名作家。

第8集纸心

美妙的梦境引导Mulder找到了一具小女孩的骨架和一颗从衣服上剪下来的心，这就是杀害13名年轻女孩、现在正在监狱服刑的囚犯John的风格。Mulder去找John，却发现John也知道他妹妹在哪里。Mulder相信他。

第9集非凡的手段（第1部分）TUNGUSKA

一块通过外交渠道带入美国的陨石中含有黑油。Mulder和Scully在线人领导的围攻中抓住了Krycek。Mulder带着Krycek前往通古斯卡，却被Krycek背叛而成为阶下囚，并在监狱中感染了黑油。

第10集非凡的手段（第2部分）TERMA

Mulder威胁Krycek逃跑。在树林里，穆德被帮助带回了美国。Krycek的左臂被截肢。Scully因隐瞒Mulder的行踪而被带到听证会。Mulder及时赶了回来，两人继续寻找陨石，但空手而归。

第11集紫雨ELMUNDOGIRA

墨西哥的一个小村庄下起了一阵紫色的雨。此后，所有与埃拉迪奥·布恩特接触过的人都离奇死亡。人们说他是墨西哥吸血鬼ElChupacabra。也有人说，他逃走后，小村庄里出现了外星人。。。但斯卡利说他感染了来自外太空的霉菌。

第12集婚礼KADDISH

犹太新郎在与新娘结婚之前被一个受到种族歧视的孩子杀害。新娘的父亲很生气，新娘也很伤心。她偷走了父亲的法书，用泥土复活了丈夫，完成了婚礼。

第13集贝蒂再也不会

Mulder去度假去杂货店购物，留下Scully一个人去纹身，和一个男人喝了一晚酒，并破解了关于会说话的纹身的X档案。

第14集无头尸奇案LEONARDBETT

男护士LENONARDBETT在一次车祸中砍掉了自己的头，但后来又长出来了，并杀死了知道他复活的伴侣。原来他的身体基因突变可以再生四肢，他必须靠吃癌细胞来生存……后来他想攻击Scully。

第15集我想活下去MMENTOMORI

原来Scully得了癌症。Mulder很害怕，他到天上和人间寻找治疗方法。斯嘉丽想了很多。

第16集复仇无报

一名越战退伍军人学会了利用人眼的感光特性来隐形，然后去杀死几名在他战俘期间下令抛弃他的越战军官。

第17集失踪的九分钟（第1部分）TEMPUSFUGIT

Scully生日当天，一架客机坠毁，机上乘客无一生还。1X09Max也在飞机上。MS发现机上乘客的手表都缺了九分钟。进一步调查发现，飞机失事还有另一个原因。在坠机地点附近的湖中，军队正在积极打捞UFO残骸。

第18集失踪的九分钟（第二部）MAX

特工Pendrell为Scully射出了英勇的一枪。MS继续调查坠机事件。原来，麦克斯在飞机上给穆德带来了外星人存在的确凿证据，但飞机半路被不明飞行物劫持，打算带走麦克斯。这时，空军袭击了不明飞行物，双双坠毁。Scully最终送给Mulder她的礼物——阿波罗13号钥匙扣，它具有深远的意义。

第19集回到过去SYNCHRONY

未来为人类研究时间旅行方法的科学家会回到现在，想要杀死自己和相关研究人员，并阻止时间旅行方法被发明。因为他觉得没有所谓未来的日子太可怕了。

第20集外星人爸爸小土豆

有一个从父亲那里遗传下来的家伙，他的身体肌肉可以随意变换成另一个人的样子。他利用这一特点，给镇上生育困难的夫妇带来了“福音”。但他的孩子们也继承了他家族的特征，有尾巴。当Mulder和Scully前来调查时，他变成了Mulder。

第21集天花零和

Skinner被陷害并涉嫌谋杀。CSM团队正在进行蜜蜂传播天花病毒的实验。原来玛丽塔也是CSM的下属。

第22集摆脱恐惧ELEGY

智障哈罗德在保龄球馆工作，一些在那儿打球的女孩被谋杀了。凶手是哈罗德诊所里的变态护士，因为她想通过杀死哈罗德喜欢的女孩来扼杀哈罗德的幸福。当女孩们被杀时，哈罗德能够看到她们的灵魂。Scully也见过一次。

第23话恶魔DEMONS

Mulder梦见了他的妹妹，梦见了一个男人和他的父母争吵，然后在一个陌生的地方醒来，忘记了自己做了什么，浑身是血。在随后的调查中，他对亲生父亲的身份产生了怀疑。

第24集真相与谎言GETTHEMANE

外星人尸体在加拿大雪山被发现。Mulder欣然前去调查。但一个名叫Kritschgau的人告诉Mulder，所有的发现和证据都是一个大骗局，根本不存在外星人这样的东西。绝望之下，Mulder开枪自杀。