X档案第一季结尾，线人深喉被杀，X档案被FBI终止。Mulder和Scully特工被分配了不同的职责，调查似乎无法继续下去。但Mulder探员一直在关注X档案，并且时不时地向Scully探员寻求帮助。然而，史高利特工被外星人绑架了。当Mulder特工继续调查时，Scully特工奇迹般地被送回医院。第二季结束时，穆德特工的父亲被神秘谋杀，他不得不千里迢迢来到新墨西哥州调查取证。

第1集小绿人

X档案的调查结束后，Scully特工回到局学院担任讲师，Mulder特工成为一名保安。美国参议员Matheson在X档案问题上支持穆德特工。在他的支持下，穆德探员未经许可前往波多黎各。属于当地一家废弃已久的外星生命研究所的基地莫名其妙地自我激活。

第2集主持人

一具无名尸体被海水冲进新泽西的下水道。穆德探员的老板Skinner派他去调查此案。穆德侦探认为这个案子毫无意义，只是体力劳动。Skinner一定是因为他不守纪律而惩罚他的。但Skinner认为，这个案件是一个真实的X案件。

第3集血腥恐惧

某农牧小镇发生连环暴力凶杀案。奇怪的是，该地区的许多电子设备也同时受损。穆德特工相信有人正在使用电子设备影响人们的潜意识并驱使他们杀人。

第4集失眠

Mulder特工不情愿地接受了新搭档AlexKrycek特工。他们开始调查接受睡眠剥夺实验的绿色贝雷帽的死亡情况。

第5集DuaneBarry奇怪的接触（第1部分）

联邦调查局特工杜安·巴里声称他被外星人绑架并失去了工作。一股神秘力量引诱他回到被绑架的地方，并带来了一名人质来代替他。取代他的人质是斯卡利特工。

第6集升天（第2部分）

Mulder特工得知DuaneBarry绑架了Scully特工，并拼命寻找她。他的新搭档克里切克警探将这一切报告给了巨蟹男。

第7集3三位一体

Mulder特工正式回归X档案调查，但还是第一次独自一人。他开始调查洛杉矶的一系列吸血鬼谋杀案，但他情不自禁地被女主角所吸引。

第8集一口气

特工Scully神秘出现在华盛顿一家医院，但陷入深度昏迷。穆德探员竭尽全力保住她的生命，而斯卡利探员则面临着生存还是前往另一个世界的选择。

第9集火行者

特工Mulder和Scully终于再次合作。他们来到一座活火山，在那里发现了致命的生命。这种生命可以在岩浆中生存。为了避免被人类发现，他们甚至开始杀害前去调查的科学家。

第10集红色博物馆

侦探穆德和斯高丽揭露了一个秘密实验计划，旨在调查几起青少年绑架事件与一个乡村教派之间的联系。在这个项目中，第一季“纯度控制”实验中产生的外星DNA被用于儿童实验。与此同时，穆德特工终于找到了谋杀深喉的凶手。

第11集ExcelsiusDeiReborn

在一间老人公寓里，一名护士声称遭到无形力量袭击，并确认袭击者是一名90岁的男子。特工穆德和斯卡利前来调查。

第12集奥布里的剃刀之谜

一名侦探发现了一名前联邦调查局特工的尸体，这名特工在调查20世纪40年代的一起谋杀案时失踪。那起古老的谋杀案与督察手头的案件非常相似。穆德和斯卡利警探相信，旧谋杀案的凶手将他的暴力基因遗传给了他的后代，他们又犯下了新的谋杀案。

第13集不可抗拒

在太平间工作的一名工人有一个特殊的爱好，那就是收集死者的头发和指甲。为了扩大自己的藏匿量，他开始谋杀，并将下一个目标转向了特工Scully。

第14集DieHandDieVerletzt魔法学校

在一个小镇上，一名少年被谋杀，而谋杀就像一场仪式。穆德和斯卡利特工发现当地学校的家长教师协会正在举行秘密仪式，并且一名代课老师拥有神奇的力量。

第15集新鲜骨头的复仇

在海地难民营，数名难民神秘死亡。穆德和斯高利特工发现这是营地负责人与巫师之间秘密战争的结果。

第16集殖民地（第1部分）

特工Mulder收到一封电子邮件，其中包含三个相同人员的讣告。此时，一名中央情报局特工通知穆德和斯卡利特工，一名俄罗斯杀手已渗透到美国的医疗机构，目的是消灭冷战期间潜伏在美国的俄罗斯克隆人。

第17集最终游戏殖民地球（第2部分）

一位来自外星世界的专业捕猎者绑架了斯卡利特工，以换取穆德特工被绑架的妹妹萨曼莎小时候的情况。交易失败后，穆德特工追踪外星人到了埋在北极冰层下的飞船，并追问萨曼莎的真相。当他得知萨曼莎竟然是克隆人时，他感到震惊。

第18集可怕的对称

在不明飞行物经常出没的地区，动物园发生了看不见的动物袭击事件。特工穆德和斯卡利奉命调查这起奇怪的案件。

第19集DodKalm幽灵船

一艘美国海军舰艇失事，只有一半船员成功逃脱。18小时后救援人员发现他们时，他们看上去比事发前至少老了60岁。穆德特工认为，这艘船已经进入了未知的时空，从而加速了它们的老化。

第20集骗人的骗局

佛罗里达州吉布森顿市到处都是马戏团和杂耍演员。一个名叫杰拉尔德·格莱兹布鲁克（JeraldGlazebrook）的男子被谋杀了，他以鳄鱼表演为生。当穆德和斯高利侦探调查这起谋杀案时，他们遇到了各种奇怪的人物，甚至包括当地的警长。

第21集卡鲁萨里

一名少年神秘死亡。Mulder和Scully特工介入。他们发现了一种与死者有关的罗马尼亚驱魔仪式。驱魔师告诉他们，死者被他未出生的双胞胎兄弟附身。

第22集F.Emasculata解剖学

在一所戒备森严的监狱里，一场类似瘟疫的疾病开始蔓延，造成10人死亡。Scully探员想要深入虎穴，找出疾病的根源。穆德探员和联邦司法官员正在追踪两名可能感染这种疾病的逃犯。

第23集柔光

一项涉及暗物质的实验会产生惊人的后果——它可以将一个人的影子变成一种致命的武器，将任何接触它的人转化为能量。

第24集我们的小镇我们的小镇

小镇发生多起失踪事件。特工穆德和斯卡利在城市的一条小河中发现了数百具人骨。该市首富拥有一家鸡肉加工厂。这个人找到了一种通过吃人肉来延长寿命的方法。

第25集Anasazi外星人档案

Mulder特工意外获得了一些关于外星生命的原始*信息。但他的敌人希望他看到发现真相需要付出沉重的代价。