萨姆恩·肖被“撒玛利亚人”组织抓获，他们在耳后植入了芯片来控制肖。“撒玛利亚人”通过对肖进行虚拟现实模拟实验，追踪肖的同伙以及“机器”的行踪。在一次模拟实验中，肖成功逃脱了。肖假装抢劫一家超市，以便“机器”跟踪她并向她的同伴发送信号。“撒玛利亚人”也可以拦截“机器”可以拦截的信息。一群杀手前往超市逮捕肖。紧急情况下，Gen及时赶到救了她。里瑟等人没有将肖带回“机器”，因为他们担心“撒玛利亚人”正在追踪肖。帮肖取出植入的芯片后，芬奇对芯片进行了分析，发现这只是安慰剂，而肖的行为也有些反常。里瑟告诉根，他对肖心存疑虑。他怀疑肖是受到“撒玛利亚人”的怂恿。没想到他们的谈话被Shaw偷听了。愤怒的肖透露了自己的行踪，并与“撒玛利亚人”展开了战争。萧的举动成功吸引了首领格里亚，他们囚禁了格里亚，并在他身上找到了毁灭装置。肖突然再次失去知觉。她杀死了格里亚，并告诉里瑟，所谓的毁灭装置其实是特洛伊木马病毒。担心芬奇等人有危险，肖带着里瑟去找芬奇和“机器”。途中，肖再次神志不清，开枪打死了里瑟。Gen到达后，Xiao为了不继续伤害同伴，选择了自杀。当一切回到现实，原来之前发生的事情，就发生在萧的虚拟世界里……