蜂巢被摧毁后，安布雷拉公司再次派人前往蜂巢查看里面发生了什么，但他们派出的人全部立即被丧尸杀死。被迅速感染。为了掩盖真相，安布雷拉公司计划使用5000吨重的核弹来消灭浣熊市，并向外界声称这是由核电站堆芯熔毁造成的。浣熊市彻底毁灭前夕，安布雷拉公司撤离了所有公司高管和科学家，其中包括T病毒的真正发明者艾肯佛博诗，但她的女儿却因车祸未能及时撤离。艾肯佛博石广泛发布英雄帖子，许诺可以帮助带回他的女儿，他会告诉他们如何在浣熊市被摧毁之前离开它。为了逃脱，爱丽丝也踏上了营救之路，并结识了将一起踏上下一次冒险的朋友。

T病毒其实是艾肯佛博石为同样患有瘫痪的女儿发明的。T病毒具有复活死亡细胞的能力。艾肯佛博让女儿定期注射T病毒的解药，控制T细胞的活性，让她下肢死亡细胞复活的速度刚好够她正常行走。T病毒在女儿体内发生变异。安布雷拉公司看到了这项发明应用于基因武器的价值，于是将发明者艾肯佛博石控制在公司手中，也将这项发明据为己有，投入巨资建造蜂巢，将T病毒武器化。这也是《生化危机》系列的背景。

第一部结尾马特和爱丽丝被安布雷拉公司抓获后，安布雷拉公司正好趁机对T病毒进行人体实验，对两人进行了基因改造，名为复仇女神计划。T病毒在马特身上发生了基因突变，但T病毒却与爱丽丝融合了。保护伞公司冷血地要求马特杀死浣熊市保护平民的特警来测试他的能力，然后用人质来威胁爱丽丝和马特。结果，爱丽丝赢了。T病毒似乎无法抹去记忆，于是爱丽丝唤醒了马特，马特在关键时刻牺牲了自己的生命来拯救爱丽丝。在马特的帮助和大家的共同努力下，下令屠杀城市的保护伞连连长肯最终被浣熊市的丧尸活活吞掉，他也自食其果。虽然爱丽丝等人乘坐直升机逃了出来，但由于核弹的冲击波，直升机不幸坠毁，但坠机现场并没有发现除爱丽丝以外的尸体。重伤的爱丽丝又被保护伞公司找到，带回实验室修复。最后，乘坐直升机与爱丽丝逃亡的伙伴们意外闯入保护伞基地，救出了爱丽丝，但对讲机却说：放了他们，启动爱丽丝计划……

看来一切都还在安布雷拉公司的掌控之中。电视新闻报道还称浣熊市发生了严重核事故。说声谢谢...

如果第一部是《生化危机之猛龙过江》，那么这部作品的第二部就是《生化危机之只手遮天》