5年前，哥斯拉在旧金山肆虐，毁掉了马克和艾玛的儿子，然后失踪了。这五年来，在帝皇组织工作的艾玛一直在研究远古巨兽，研发出一种可以与巨兽交流的声波装置。在魔斯拉的实验中，幼虫魔斯拉逃跑了，乔纳的武装团体绑架了艾玛母子。拿到声波装置的乔纳前往南极0号兽的位置。艾玛想借此复活能够击败哥斯拉、为儿子报仇、唤醒基多拉巨龙的猛兽。哥斯拉察觉到强敌出现后，便前去战斗。第一战输给了基多拉，第二次海战又咬掉了基多拉的一个脑袋。政府借此一次性清理了两个庞然大物。发射的氧气驱逐舰击中了哥斯拉。哥斯拉身受重伤，潜回海底火山养伤，基多拉已经成为了庞然大物的霸主。世界各地的庞然大物此时复活肆虐，他们将基多拉视为自己的霸主。芹泽博士等人找到了哥斯拉的行踪。为了让哥斯拉更快康复，芹泽致力于喂核弹。哥斯拉被辐射后辐射值爆炸，勇敢返回地面挑战基多拉。在两个怪物的激烈战斗中，破茧而出的魔斯拉也与听从基多拉的拉顿打了起来，魔斯拉打伤了拉顿。魔斯拉帮助哥斯拉对抗基多拉，基多拉大招消灭了魔斯拉，当魔斯拉消失后，他引导哥斯拉的力量，哥斯拉进入红莲状态，冲击波爆发，消灭了基多拉。其他庞然大物也向哥斯拉低头。

我吐槽一下，这部电影的科幻设定有点震撼。1、吃下核弹后，哥斯拉权力大涨。2.人类的任何武器都无法消灭巨兽。3、巨兽的食物是什么？4、帝皇组织的力量比人类政府的军队还要强大。人类的军事实力真是渣。5、艾玛的逻辑很奇怪。为了消灭哥斯拉，他复活了其他庞然大物。他认为可以用声波装置控制庞然大物，但结果却是人类面临灭绝的危险。为了环保和自然，他强行决定了人类的未来。电影的主题强行灌输环保理念，会让人更加迷茫。6、影片的目标观众应该是喜欢看怪物打斗的年轻人。剧情不深，有些情节不合逻辑。又是一部无脑赚钱的商业片。