藤丸成功阻止了大黄蜂的英勇作战计划，也成功利用网络犯罪控制了枪手。然而令人没想到的是，藤丸遭到了新敌人的袭击，而这个人竟然是和他的同事们一起工作的。在朋友意外的背叛面前，藤丸无法掩饰内心的犹豫。就在藤丸陷入危机之际，原本已经消失的音也突然出现，事情朝着更意想不到的方向发展。为了找出响逃走的地方，藤丸开始了黑客行动。身旁的乙也用手机收到了玛雅发来的电子邮件。对方请求帮忙调查一个名叫永耀明的人，他曾要求释放神弹的射手。。音也立刻让藤丸帮忙调查永耀明的下落，藤丸却感觉音也有些不对劲，心里开始产生怀疑。　另一方面，玛雅接受九条命令，秘密调查永田与“三皇”的关系。她与藤丸和音哉合作调查，最终发现了“三皇”的住所。但三人都不知道那里等待着他们的是什么。