卡拉因厌恶汉克而从陆军部辞职，席芳回到公司后将获得所有功劳。当天，凯特收到一份举报不良网站的匿名文件，但由于不相信，因此拒绝发表。当晚，发送文件的电脑黑客以美女的身份出现在电视上，并开始利用互联网瘫痪整个城市的交通灯和经济系统。当卡拉、詹姆斯和温家宝开始调查此事时，电脑黑客本人以真人的形式出现，卡拉立即认出他是一台锁在罗斯堡“智库星星”中的外星电脑，自称“靛蓝”。在卡拉无法查看的情况下，詹姆斯带着他来到了克拉克在北极的秘密基地——“孤独堡垒”。通过机器人凯利斯提供的信息，他了解到靛蓝企图毁灭人类的事情。后来，露西通过机器人发现了军事情报显示，靛蓝运行该邪恶网站的真正动机是寻找加入该网站的军事将领，并计划利用他进入国际城军事基地的核弹库。同时，靛蓝成功潜入基地并向城市发射核弹，卡拉无奈向汉克和艾丽克斯求助，通过提供的终止代码禁用核弹。靛蓝在文植入的电脑病毒中开始瓦解，但最后一刻透露，他就是利用卡拉的飞船将罗德斯堡带出幻影空间的人。事情一结束，露西在发现詹姆斯与卡拉的关系后，决定与詹姆斯分手。当卡拉最终回到陆军部时，艾丽克斯终于将杀害奥斯特拉的事情告诉了卡拉。五十一人发了言，但了解真相的卡拉并没有责怪他们。相反，他拥抱并安慰疲惫的妹妹。此时，诺恩(克里斯·范斯 饰)使用外星技术重新组装了破碎的靛蓝，并表示从现在起他将听从他的命令。