这是一个关于种族殖民失败、种族灭绝以及试图恢复族群的故事。《异形2》的时间线是在《异形1》之后，人类登陆火星，从火星带回了土壤样本，但土壤样本中却存在外来物种的残留。故事由此开始。精神病院的赫尔曼·克伦威尔博士推测了外来物种的起源：克伦威尔博士曾在斯坦福大学研究过1996年在南极发现的火星陨石。陨石的化石质量表明火星上曾经有生物。但化石本身并不是原始火星化石的碳基物质，只存在于距火星一亿光年的麦哲伦星云中。克伦威尔博士推测，十亿年前，火星原住民遭到外来物种入侵，外来物种毁灭了整个火星。生命形式。克伦威尔博士担心外星人会带来未知的危险，因此强烈反对火星探索计划，因此被关进了精神病院。男宇航员帕特里克·罗斯回到地球后，无法抗拒外星物种的繁殖本能，许多著名的雌性在交配后带回了多个拥有25%血统的异种后代（这里是重点设定）。（异种的繁殖和妊娠周期极短，成年只需几天，详细见异种1）由于异种生长太快，受孕人类母亲无法承受，当外星人出现时，人类母亲必须死亡出生。（这个设定和外星人很像）帕特里克和妻子发生性关系后，妻子死了。由于帕特里克此时还具有人性，许多女人和他心爱的妻子都因生育而死亡。决心自杀。但饮弹自杀失败了。异种基因强大的修复能力，彻底恢复了爆头帕特里克，彻底失去了人性。与此同时，为了寻找帕特里克，劳拉·贝克博士解除了EVE（二代女性异种）的生物节律限制，唤醒了EVE的异种基因，让EVE能够感知到自己的同类，也就是帕特里克。感知到同种EVE的存在，这让他放弃了一个准备繁殖的人类女性。（这里是Key设置）被本能召唤的EVE，由于同类的感应，决定逃离实验室。人类士兵多次用枪射击EVE，但未能阻止EVE逃跑。繁殖开始，异形一号的两位主角，外星猎人普雷斯和劳拉·贝克博士到来，却未能阻止宇航员安妮·桑帕斯一家的死亡。黑人宇航员丹尼斯·甘布尔很幸运。不出意外，他来到了故事的结局，成为了关键角色。劳拉·贝克博士发现，异形在寻找异性伴侣时可以发现身体缺陷。Sil（一代雌性异种）正在寻找雄性繁殖伴侣，并杀死了试图与她交配的有缺陷的雄性。（看过《异形1》的童鞋们应该有印象了，这里是重点设定）由于丹尼斯·甘布尔是镰状细胞携带者，所以异形的基因并没有侵入他。因此，劳拉·贝克博士针对基因对外星人缺陷的抵抗力很差的特性，用黑人宇航员丹尼斯·甘布尔的血液制作了针对外星物种的特殊喷雾剂。（正如电影中提到的，外星物种具有很强的再生能力，同时化学武器一接触就能抵抗。）经过一番寻找，博士发现。劳拉·贝克用喷雾剂杀死了帕特里克的后代的蛹形态（蛹形态是幼虫到成虫的过渡形态，参见异形1）。外星猎人普莱斯最终用沾有黑人宇航员丹尼斯·甘布尔·帕特里克鲜血的干草叉杀死了它。外来物种与其他生命形式相同。繁殖是第一本能。但繁殖有两个优先事项。一是优先采用混血种进行繁殖。在电影开始之前，帕特里克是一个被基因入侵的混血外星人。EVE之后的血统异质，就是他果断放弃人类培育对象的明确证据。二是避免与有遗传缺陷的异性繁育下一代。希尔选择了一位健康的医生。EVE对HunterPress反应强烈，而对有缺陷的DennisGamble则没有反应。但最终的选择和混血帕特里克都证明了以上观点。外星物种应该是一个为整个宇宙随机分配大量生命种子的种族。它利用基因入侵，培育出与当地原住民外貌相似的下一代非纯血统。当外来物种入侵土著时，可以保留土著的知识和基本形态。异种物种的繁殖似乎取决于当地土著自己的繁殖方法。与此同时，异种物种缺乏对本地物种缺陷基因的必要抵抗力。