1999年，一台超级计算机的主程序感染了病毒。这种计算机病毒有它自己的。瞬间，他夺取了传输研究中心的主控电脑，横冲直撞。人类无奈，只能将整个研究中心转移到另一个空间。与此同时，人类也获得了新的“Enetron”能量。另一方面，这起事件也让从研究中心逃出并被转移到另一个空间的孔女三人以及三台工作机器人的命运发生了巨大的变化。十三年后的2012年，Enetron成为人们日常生活中不可或缺的能源。但随后转移到另一个空间的电脑病毒又回到了这个世界。为了克服这场危机，13年前的事件后获得特殊能力的三名“克星”，以及原本用于辅助工作并获得自我的三名“Buddyroid”机器人被任命。他们就是接受“保护人民”的“特殊使命”并战斗的战士——“Go Busters”！