第一次冒险三年后，2002年数字世界开始出现新的危机。为此，一群新的被选中的孩子出现来拯救世界。毕竟，除了高石岳和八神之外，原本被选中的孩子们都进入了初中或者出国，无法再长期保护数码世界和他们的伙伴数码兽；数码兽还利用黑暗螺旋环和黑暗之塔试图控制和奴役数码兽。在他无处不在的迫害下，数码兽们被迫无奈地战斗。

入选的新一代孩子共有三名。此外，高石岳和亚神光继续参战。他们每人都获得了一台新的数码设备“D-3”，他们通过电脑进入了数码世界。另一种用途是“装甲进化”，只要他们使用数码精神（DigitalArmor），让自己的数码兽即使在黑暗势力的控制下也能完成装甲进化；最终，大家成功阻止了邪恶的暴龙变形者完成阴谋，但他最重要的数码兽──虫兽却因为小贤（暴龙改造者的人格）的过错而死去，小贤后悔自己之前的错误行为，于是他决定加入被选中的孩子们，与新出现的敌人阿克尼蒙和木乃伊兽（木乃伊兽）战斗。Archnemon拥有一种独特的力量，可以增强黑暗之塔的控制力。为了对抗这个新的威胁，孩子们学习同步进化，让他们的数码宝贝融合以获得更多的力量，然后，当战斗被带入现实世界时，真正的幕后黑手——及川幸男出现了，他从那里得到了黑暗种子小贤，并把它植入到那些希望成为小贤那样的孩子们的体内，那些种子利用孩子们心中的黑暗力量，长成花朵，而被选中的孩子们面对及川，知道他是一个极其出类拔萃的人。-团体中的人，他唯一的Iori朋友是Iori的父亲-HirokiHiroki，Hiroki和及川小时候经常一起玩电子游戏，然后迷上了数字世界，真的很想去那里，然后，有什么东西突然出现脱离了他的身体，与“真正的”邪恶想法没有什么不同，上一季的毒液吸血恶魔现在重生为贝利吸血恶魔。

最后，来自世界各地的被选中的孩子们一起帮忙。每个人心中存在的光明和希望将会把数字世界带回那个美好的地方，而及川却因为太弱而无法进入数字世界。力量化作蝴蝶，送到了他热爱的数字世界，他将永远和数字世界在一起。恢复和平后，数字世界和现实世界相连，每个人都有自己的数字野兽。